但只针对加班工资进行了补发，这样合理合法吗？

合法，属公司正常调动，但应确保不违反工时规定。依据《劳动法》第三十六条和第四十一条，加班需协商且有时间限制，若超时加班则不合法。长期超时加班会损害员工健康，影响工作效率和团队士气。
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合法，但应具体分析。操作如下：1.查看合同，确认薪水调整条款；2.与公司沟通，了解调整原因；3.若加班超时，依据《劳动法》提出异议；4.沟通无果，可申请劳动仲裁或咨询律师提起诉讼。
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处理方式包括与公司沟通、申请劳动仲裁或诉讼。建议先与公司沟通解决，若无法达成一致，可根据具体情况选择申请劳动仲裁或提起诉讼来维护权益。